La FSV ha come organo deliberativo l'Assemblea dei delegati dei gruppi aderenti, come organi esecutivi il Presidente ed il Segretario e come organo di controllo il Collegio dei Revisori dei conti; organi che vengono eletti ogni tre anni dall'Assemblea. I gruppi aderenti alla Federazione di riuniscono in Assemblea almeno due volte l'anno per deliberare su specifiche attività.
Nella sua attività attualmente si avvale di quattro Commissioni, i cui membri sono sempre nominati ogni tre anni dall'Assemblea  dei delegati, che sono: la Commissione scientifica, la Commissione speleosubacquea, la Commissione fotografica, la Commissione didattica.
E' inoltre presente con cinque rappresentanti nella Commissione Speleologica Regionale prevista dalla L.R. 54/80.